Muzeum Warmii i Mazur w Olsztynie jest właścicielem:

• Zamku w Olsztynie
• Zamku w Lidzbarku Warmińskim (bez przedzamcza)
• Pałacu Dohnów w Morągu
• Dworku i wozowni wraz z częścią parku przy ul. Metalowej 8 w Olsztynie
• Domu Gazety Olsztyńskiej w Olsztynie
• Budynku Magazynu Muzealiów w Olsztynie przy ulicy Partyzantów 18A w Olsztynie

Ponadto Muzeum Warmii i Mazur w Olsztynie jest współwłaścicielem:

• Nieruchomości zabudowanej budynkiem Ratusza, położonej w Szczytnie przy ulicy Sienkiewicza 1 - 23,4/100 części nieruchomości
• Nieruchomości zabudowanej, położonej w Szczytnie przy ulicy Kasprowicza 1 - 42/100 części nieruchomości

Majątek Muzeum Warmii i Mazur w Olsztynie stanowią także muzealia - ponad 103 tysiące pozycji inwentarzowych.